圆通寺坐落在延平区九峰山之麓，已有1000多年的历史。据《八闽通志》载，现在圆通寺的前身为“南平玄妙观”，五代周显德六年（959年），闽王延政期间建的，名“招仙道院”。宋代大中祥符二年（1009年）改为“天庆观”。明代洪武初（1368年左右）及正统末（1449年左右），两次毁于兵灾。随后复建。内有太乙官、普化院，观之左有“云深亭”，濒津有冷风阁。唐代王初天庆观诗云：“剑化江边绿构新，层台不染玉梯尘。千章隐篆标龙简，一曲空歌降凤钧。岚气湿衣云叶晚，天香飘户月枝春。盟金早晚闻仙语，学种三株伴羽人。”宋代理学家朱熹也有水南天庆观夜作诗一首：“石楼云卧对江城，城角吟霜永夜深。料得南枝正愁绝，不堪闻此断肠声”。

清“玄妙观”改为圆通。据《南平县志》载：圆通寺即（玄妙观），冷风阁旧址，面仙山，俯剑潭，登者有出尘之想。宋王以咏诗：“剑水落霞晴尉绿，衍峰新月夜梳鬟”。阁后山形如交椅，俗传为陈友谅祖墓。

清代光绪中（1890年左右）僧人俪龙募建，规模宏伟，就是现在的圆通寺旧址，约有100年历史了。1992年开始重修寺庙，目前寺庙拥有观音殿、卧佛殿斋堂，僧房2座，占地面积1221平方米，建筑面积2226平方米，住庙僧尼5人。