莲山寺位于龙岩城区国道319、省道福三线交汇处的莲花山，始建于唐，迄今有1300多年的历史。根据《龙岩州志》记载：“山中有石若莲瓣，故名莲花招提”，“山上有座观音堂，又名观音庵、莲花庵”。“观音堂供大士，香火鼎盛，祈祷皆应，香客如云，皈依者众”

到明代有僧人比丘进住莲花庵，故改为“莲山寺”，自此延续至今。先后有法智和尚、正光比丘、易淦比丘、初魁比丘、始发比丘、始涛比丘等住持莲山寺。到清代咸丰年间，有武僧传艺，教出临近村庄的众多弟子，习武健身，至今流传。山上有明清时代的和尚墓3处。寺庙尚有明代遗留下来铜香炉1个，《金刚经》1本，因年久虫蚀已无法翻看。根据《龙岩县志》，在清光绪四年（1878年），龙岩王有容县长出钱置若干亩良田捐赠莲山寺，并立有《莲花山香灯田碑记》石碑一块，上有碑文，现仍竖立在老“观音庵”。碑刻除《香灯田碑记》外，还刻有莲山寺周围环境“龙门前供，虎岭东环”等记载。

莲山寺曾有一段时间无人看管。到解放前期，东肖邓根茂信士、杉姐居士看守莲山寺。20世纪50年代后有释慧瑛法师、光巧比丘尼、光新比丘尼、光益比丘尼住持莲山寺。由于历史原因，在20世纪70年代寺庙被毁，3位比丘尼被迫下山。到20世纪80年代初期，党和政府恢复了宗教信仰自由政策，她们又回到了莲山寺。

改革开放以来，莲山寺依照传统寺院布置和古建筑风格，采用石木结构，依次建起天王殿、大雄宝殿、千手观音阁、回廊十八罗汉、西方三圣像、三世佛像、滴水观音像、钟鼓楼、地藏殿、僧房、弥陀春托老院、佛教陈列馆、素食部、慈善功德会停车场等，建筑面积近2万平方米，拟将续建法堂、藏经楼、方丈室、华严三圣殿等寺院配套工程。现寺院常住清众（比丘、沙弥、居士）32人。