净耀法师师承印顺导师修学佛法，与厦门南普陀寺、闽南佛学院法缘深厚，多年来常来常往、交往密切，“小三通”至今开展交流交往活动达数十次，为接续两岸佛教法缘法谊、加强两岸佛教界沟通交流、增进两岸民心相通发挥了重要的作用。
Part.1
「最后一通电话，犹在关心闽院百年 」
2024年12月9日下午，厦门南普陀寺方丈、闽南佛学院院长则悟法师同净耀法师通电话，在通话中对净耀法师的身体健康情况表达了深切的关怀与慰问。
净耀法师十分关心闽南佛学院百年院庆筹备情况，他表示，闽南佛学院在现代佛教教育史上有着独特的重要地位，在两岸、在海内外都具有深远的影响力和不可替代的独特价值，闽南佛学院的百年不仅展示了中国佛教的百年，乃至世界佛教的百年跟闽南佛学院也是息息相关。闽南佛学院即将迎来百年院庆，也标志着我们汉传佛教教育事业到了一个新的历史起点，台湾佛教界普遍都很瞩目，他个人更是极为关注。
净耀法师谈到，自己跟随印顺导师学佛多年，一生深受印顺导师影响，印顺导师的点点滴滴深深融进他的弘法利生之路，其所学可以说跟闽南佛学院是一脉相承，他自己对闽南佛学院也一直有着不一样的深厚感情，2024年10月份还专门委托人向闽南佛学院捐赠10万元人民币，用于支持新校区建设及百年院庆保障。
通话最后，净耀法师还对闽南佛学院百年院庆活动表达了诚挚的期待与祝福。
Part.2
「积极来厦参访，与南普陀寺交往密切 」
早在2002年6月，净耀法师就曾率团来闽南佛学院参学座谈，共研两岸办学及僧才教育交流等课题。2010年以来，与南普陀寺和闽南佛学院更是往来频繁，数度率团或随团来访，结下了深厚的法谊。
2010年6月19日，“第二届海峡论坛·闽台佛教文化交流研讨会”之闽台两地佛教界祈福法会和圆桌会议等活动在南普陀寺举行。净耀法师应邀作为祈福法会主法之一参加活动，并在发言交流中提出要从两岸佛教实际出发，共同传戒、共同举办祈福法会，搭建闽台佛教合作交流多元化的大平台，两岸携手为构建和谐社会发挥好佛教净化人心、净化社会的积极作用。
2013年1月10日，净耀法师等大德法师率台湾南北部道场的寺庙住持及信众百余人前来南普陀寺参访。

净耀法师于第五届海峡论坛·闽台佛教教育交流研讨会上发言

2013年6月14日，第五届海峡论坛·闽台佛教教育交流研讨会之两岸和平祈福法会在南普陀寺隆重举行，净耀法师受邀参与主法。在第五届海峡论坛·闽台佛教教育交流研讨会上，净耀法师作了专题精彩发言，指出闽台佛教乃至两岸佛教教育互相交流、深入互动的重要性，对佛教教育在服务民众、服务社会，和谐人际、和平两岸上有着特殊不可替代的作用作了深入阐述。
2017年8月20日，以净耀法师为主席团成员的台湾“中华人间佛教联合总会”交流团一行前来南普陀寺和闽南佛学院，开展两岸佛教界和平祈福交流活动。在座谈交流中，净耀法师对闽南佛学院独具特色的僧才培养模式赞叹不已，他说，学习佛法不仅要树立正知见，培养正确的学习动机与学佛目的，同时还要掌握善巧的修行技巧。他还表示，通过此次交流，交流团一行学习到了丰富的知识，得到了无上的养分。

2018年10月，净耀法师一行到南普陀寺参访交流

2018年10月20日，台湾中国佛教会理事长净耀法师率团到南普陀寺参访交流。交流过程中，净耀法师对南普陀寺和则悟法师所提倡和践行的“垃圾不落地”“文明敬香”和“三零”理念等先进寺院管理举措赞叹不已，同时也对南普陀寺的热情接待表示感谢。

2023年5月，净耀法师一行再度赴南普陀寺参访交流

2023年5月15日，净耀法师率团到南普陀寺参访交流。净耀法师在致辞中指出，两岸佛弟子要携起手来共同弘扬佛法、利益众生，将佛陀的心愿当成自身的使命，成就利他的工作。大陆和台湾虽相隔两岸，但两岸佛教界同根同源、同宗同脉，希望未来双方加深合作交流，共叙情谊、同担风雨，在未来弘法演教、利益众生的事业上共同精进，努力实现“人间佛教”的宏伟理想，共同开展弘法利生事业，为推动两岸关系和平发展和两岸佛教交流合作贡献新的力量。

Part.3
「致力促进交流，维系巩固两岸法谊 」

净耀法师以两岸交流合作为两岸汉传佛教发展之根本，不仅奔波往来于海峡两岸，在台湾更是致力团结台湾佛教界人士，积极促成两岸佛教“你来我往、你往我来”的良好交流局面。每次南普陀寺、闽南佛学院组团赴台参访，与时任台湾中国佛教会理事长净良长老、圆宗长老等大德交流时，也都得到净耀法师热情的接待并作深入交流。

2008年11月，厦门市佛教协会赴台交流访问团参访净化文教基金会

2008年11月，以则悟法师为团长的厦门佛教协会交流访问团赴台开展为期10天的参访交流活动。这期间，参访团实地走访了净化文教基金会，受到净耀法师热情招待。在交流中，净耀法师谈及他当年在监狱弘法的往事，他用佛法智慧化导犯人，誓把监狱化为净土的悲心愿力给每一位团员都留下了深深的感动与深刻的印象。

2015年7月，厦门市佛教文化交流团一行赴台参访交流

2015年7月，以则悟法师为团长的厦门市佛教文化交流团一行赴台开展为期六天的交流参访。7月3日，交流团抵台当天，在机场就受到了净耀法师等台湾大德法师和护法居士热情迎接。当日下午，交流团与台湾中国佛教会座谈交流会在台北慈法禅寺举行，净耀法师等就台湾中国佛教会会务管理、寺院运作、佛教的教育事业发展分享了宝贵经验。

2018年9月，中国佛教协会代表团赴台出席中华国际供佛斋僧法会

2018年9月1日至7日，应台湾中华国际供佛斋僧功德会邀请，中国佛教协会组成以中国佛教协会副会长、厦门市佛教协会会长则悟法师为团长的交流团，赴台出席2018年度中华国际供佛斋僧法会活动，并参访了台湾主要的佛教场所和组织，开展广泛的交流。这期间受到了邀请方净耀法师的热情欢迎和友好接待。

2022年11月，闽台佛教界联合启建缅怀黑水沟罹难同胞超荐祈福大法会

2022年5月20日，净耀法师在“闽台佛教与民族复兴论坛”期间提议闽台佛教界共同举办法会缅怀黑水沟罹难同胞。11月20日上午，闽台佛教界联合启建缅怀黑水沟罹难同胞超荐祈福大法会。南普陀寺作为三个会场之一，以在线直播的形式，与闽台佛教界五百余位高僧大德共同完成本次大法会。法会结束后，两岸佛教界在线上进行友好交流。净耀法师指出，两岸佛弟子要弘扬佛法、利益众生，两岸佛教界应积极探索新时代两岸佛教融合发展之路，促进两岸合作更上新台阶。

2024年6月至7月，闽南佛学院毕业研究生赴台参访

2024年6月至7月，闽南佛学院以“法乳一脉 潮音千秋”为主题，以院长则悟法师为团长，组织第二届毕业博士研究生和第十三届毕业硕士研究生，赴台湾开展交流参访活动，历时7天。这期间也受到了净耀法师的热情欢迎与接待。

2024年6月至7月，闽南佛学院毕业研究生赴台参访

“我们从去年一直等到今年，现在终于等到了。最近台湾气候非常热，但是则悟大和尚带领闽南佛学院参访团的到来，为我们带来了凉风。”在座谈交流中，净耀法师幽默说道。法师还表示，佛教的未来要看教育，汉传佛教的未来要看两岸，看到闽南佛学院培养出这么多优秀的僧才，自己对两岸佛教未来的发展充满了信心。两岸佛教同根同源、法乳一脉，希望两岸佛教界能够携手并进，继续加强交流合作，共同推进佛教发展。
望孚僧俗人共仰，讣传两岸众同悲。今慧日西沉，人天眼灭，净耀法师示现无常，证大涅槃，诚为佛门之痛，是两岸佛教界的重大损失。我们深切缅怀净耀法师普利有情的悲智愿行，法师一生弘法不倦、为法忘躯，启悟群迷无数，为两岸佛教交流弘传鞠躬尽瘁、竭尽所能。大德永昭日月，法师色身虽灭，其光明长耀人间。惟愿法师莲登九品，乘愿再来，净耀众生，更益人天！