日本殖民统治时期，福建除福州鼓山涌泉寺与台湾佛教关系密切外，厦门佛教界与台湾佛教界也经常互动交流。

由于语言和地缘上的便利，加上厦门南普陀寺与闽南佛学院在佛教界颇负盛名，厦门僧人经常应邀前往台湾弘法布教。1912年，出生于厦门鼓浪屿的高僧觉力法师应台湾妙果法师之邀，赴台开创苗栗县大湖乡法云寺派，使之成为日本殖民统治时期的台湾传统佛教的五大法派之一。1912年至1933年，闽南高僧会泉法师四度赴台讲经说法，宣弘汉传佛教仪轨，对台湾佛教界的正本清源与健康发展产生了深远影响。1927年，闽南佛学院教授达如法师在该院学生、台南开元寺忠妙法师陪同下，从厦门到台湾考察佛教和僧人教育。1929年与1934年，南普陀寺慧云法师两度造访台湾，曾访问台南开元寺等诸多佛刹，对龙湖庵的清修活动甚为赞叹，并在《大岗山龙湖庵万年簿序》中予以推介。闽院学僧隆耀法师亦曾受台南开元寺之邀，赴台参与传戒工作。1923年11月，厦门雷音寺住持照圆（印心）法师赴台参加台北五股观音山首传四众戒会，并担任传戒会的尊证阿阁黎。1935年11月，厦门僧俗两界三十余人组成”台湾视察团”，前往台北参加台湾佛教徒大会，并考察了台中等地的佛教寺院。

台湾佛教界亦有不少僧人应邀或慕名来厦参访寺院、讲经说法、参与教学活动。出生于台湾屏东的演音法师，曾赴大陆随侍圆瑛法师，并至闽南佛学院任教，为学生讲授唯识学，后因日寇入侵而中断。1924年，厦门旭瀛书院召开敬佛会成立一周年纪念大讲演，台湾基隆月眉山开山善慧法师、台湾观音山凌云寺住持本圆法师应邀与会泉法师登坛为信众开示。厦门妙禅寺住持善契法师邀请善慧法师作《慈悲与孝心便可成佛》的演讲。此后，善慧法师应邀在妙禅寺讲堂又作了三次演讲，还应厦门居士之邀，在鼓浪屿日光岩为孟兰盆会开示。1929年，台湾德林法师到闽南考察，返台后在《中道》杂志发表了《南普陀与闽南佛学院》一文，详述南普陀寺的沿革和闽南佛学院的办学情况，并回顾了他与时任闽南佛学院教务主任大醒法师的交谊。会泉法师1933年10月赴台主持启建台湾佛教史上第一次水陆大法会之后，有20多位台湾僧人随会泉法师来厦，在他主办的”万石岩佛学研究社”修学。