日本殖民统治时期，传承中华法脉的台湾佛教遭受所谓“皇民化运动”的冲击，“状如散沙而无佛学院之设，无处就学”。而成立于1925年的闽南佛学院，为国内创办最早的佛学院之一，培育了众多优秀僧才，加之修学环境良好，学僧“学膳宿书籍等费，一概免收”，每月还发“津贴零用费”，故从台湾前来求学者甚众。

就读于闽南佛学院的一些台湾学僧，曾通过口口相传与文字叙述，分享在这里的修学经历与体会。台籍学僧达虚法师入学一年后，在台湾杂志发表文章，认为闽南佛学院是以”养成实际弘法利生住持佛教的人材为主旨”的学院，并特别推崇其“施行智德并进的教育方法”。“且以特别待遇学僧而使穷寒有志的青年僧伽亦得近入学德之途”。达虚法师还发表介绍自己在闽南佛学院求学生活的《海滨日记》，生动展示了闽南佛学院优美的环境、严谨的组织结构、切实的课程设计及厦门的商业、交通、民情等方方面面，还特别回顾参谒院长常惺法师的情景，赞叹常惺法师“仰观慈貌魁伟，品格高雅，一言一词，令生深省之感，一举一动，顿起归慕之心，学德俱圆，渐顿兼施之，现代高僧真不愧为名山之大和尚也”。翔实而生动的叙述，引发更多的台湾学僧前来求学。

从闽南佛学院毕业的台湾僧人，对台湾佛教的发展产生了深远影响。其中的代表性人物如眼净法师、玠宗法师、贤顿法师、达虚法师、宽苍法师、坦怀法师、悟机法师、微隆法师、玄达法师、达真法师、宽海法师、忠妙法师等，日后成为台湾佛教界的骨干。

眼净法师返台后，成为中兴台南竹溪寺第二任住持。玠宗法师返台后任桃园金刚禅寺开山住持，著有《佛心宗》、《法性宗》、《天台宗》、《佛家伦理哲学》等佛书多种。贤顿法师返台后弘法一方，成就斐然。他圆寂后，台北临济禅寺为其举行追思赞颂传供大典。

普钦法师返台后佐德林法师开办台中佛教馆，后任花莲佛教支会理事长。

台湾圆光佛学研究所如斌法师曾著文评介闽南佛学院为日据时期的台湾培育僧才所做的突出贡献，认为当时的闽南佛学院是“沟通传统中国佛教与在日人统治下的台湾佛教之主要管道，并且是中国传统佛教培育台籍僧伽的重要摇篮。”