源于福清黄檗寺的黄檗法脉，对台湾佛教影响深远。目前，在台湾的黄檗法脉道场近30座。台南的黄檗庵、开元寺，台北的泰山岩，高雄、彰化的白龙庵，宜兰昭应宫，台南大天后宫等，多为黄檗山明末三大祖师密云圆悟、费隐通容和隐元隆琦法嗣所创或分炉至台。

福清黄檗山万福寺

福清东临台湾海峡，最近处离台湾新竹仅有84海里。福清黄檗寺始建于唐代，一代禅宗祖师黄檗希运在此出家，其弟子义玄禅师在河北创建“临济宗”，故有“天下临济出黄檗”之说。临济一脉广布海内外，在佛教界具有重要影响。黄檗高僧隐元隆琦师徒一行赴日传法，曾受郑成功的帮助。郑成功收复台湾后，黄檗法脉也随之延至台湾。台湾佛教史上早期寺庙的创建，与黄檗法嗣的参与是分不开的。

供奉在福清黄檗山万福寺大殿内的隐元禅师画像

据史料记载，台南开元寺开山住持志中法师，为“明第一代黄檗开法”密云圆悟祖师的法嗣。隐元禅师法嗣继成法师，重建台南黄檗庵。隐元禅师法孙锐锋和尚的泰山岩法脉，分炉到台北的“八岩二庙”。隐元禅师法孙、清黄檗第十代住持明谦惟吉禅师的福州白龙庵法脉，分炉至台湾的寺院有嘉义九天殿，台南市的西来庵、范思堂，高雄市的清德堂等。隐元禅师十三代法孙广钦法师，在台北、台中、高雄开创七座黄檗道场，开创了台湾佛教中的承天寺派，与闽南佛教的交流尤为深广。此外，宜兰昭应宫、台南大天后宫现在仍供奉“黄檗流芳”牌位及福建黄檗住持牌位，虽因资料缺失难以寻其法脉的具体传承过程，但无疑也与黄檗一脉相承。