莆田南少林寺是历史上的武林胜地，曾因“南拳北腿”与河南嵩山少林寺遥相呼应，世称“南北少林”，是我国佛教禅宗文化遗产和少林南拳的发源地之一。

莆田南少林寺的前身“林泉院”，坐落在层峦叠嶂中的九莲山麓，始建于南朝陈永定元年（557年）。唐朝初年李世民登基后，辅公佑部将路得才聚众东南沿海为非作歹，闹得民不聊生。歹徒行踪不定，聚散无常，如果派大军围剿，无异用拳头打跳蚤，劳民伤财，且难奏效。唐太宗把已封为大将军的少林寺方丈昙宗找来惩治海盗。昙宗派十三棍僧之一的道广等带领500名僧兵入闽平暴。暴乱平息后，沿海人民挽留这些救苦救难的活菩萨。唐王李世民念少林寺十三棍僧救驾之功，恩准在福建修建少林分寺。道广根据昙宗方丈的偈语：“傍海平盗日月久，九莲山下有宿头。南北千里同一寺，大乘禅在心中留”，找到了当时就有名气，且地形酷似嵩山的林泉院扩寺定居，同嵩山少林寺一样养僧兵，参政事，林泉院也就成为江南的少林分寺。该寺所在的林山村周围有九座山围成一圈，形如九瓣莲花，寺院坐落在花心的位置上，因此得名九莲山少林寺，世称“南少林寺”。

清朝初年，各地抗清志士、武林俊贤纷纷来到具有习武传统的南少林，把它作为反清复明的基地。由于叛徒的出卖，南少林被官军攻陷，僧众多被杀戮，寺院被夷为平地。冲出火海的武僧流落江湖，传徒授艺，坚持抗清斗争。据传，南拳的不少套路出自南少林。由于清廷的舆论封锁，这一段悲壮的历史鲜为人知，只是在民间悄悄地流传。

1986年，福建省莆田市传出一个惊人的消息：国家文物普查中，在荔城区西天尾镇的一个山村里，意外地找到了南少林寺的遗址。消息传来，立即在海内外引起了巨大轰动，时任中国佛教协会会长赵朴初听到此消息后非常高兴，亲笔题写“南少林寺”匾额，表态支持南少林寺的开发建设。1992年8月8日，省政府正式批准在遗址上重建南少林寺，重建工程分三期进行，首期工程的盘山公路、大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼、僧舍、放生池、山门等10多个项目已于1998年12月8日竣工、剪彩，并正式对外开放。

2006年11月2日，莆田南少林寺举办盛大的“祈祷国泰民安世界和平大法会”，并礼请中国佛教协会副会长、福建省佛教协会会长、莆田广化寺方丈学诚法师为南少林寺方丈。千年古刹从此进入了一个新的历史发展时期。目前僧众的人数已经有30多位。2007年10月30日，莆田南少林寺举办了南北少林武术公演盛会及祈祷世界和平社会和谐大法会，使得历史上南少林寺的禅武传统得以延续。学诚法师规划南少林寺将逐步涉足社会慈善事业，进一步弘扬中华民族传统文化，弘扬佛教关怀人间、利益众生的慈悲精神，推广慈心建设，提升有情的心灵境界，为世间的心灵和谐、社会和谐和世界和平作出自己的贡献。