金莲寺位于清流县城东的东华山北侧山腰，离县城3.5千米。据宋开庆元年（1259年）编纂的《临汀考》记载，此处由于“有深泉怪石，茂林修竹，春夏水涨，瀑布数丈，蔚为壮观”，为清流的八景之一。唐武德三年（620年），云谷僧人云游到此，见风景秀美，便隐居此山修行。从此，这里开始有了香火，成为闽西一带最早的古刹之一。宋乾德二年（964年），历神宗、哲宗、高宗累封为慈济禅师的圣僧定光大师到此，进一步修建殿堂，并给这个胜地取名为“灞涌金莲”，给这个寺庙定名为“金莲寺”，一直沿用至今。

长期来，金莲寺因其历史久远，一直香火旺盛，朝拜者络绎不绝。观光朝拜的人，从荆谢公路沿左道拾级登山，约行半里即到入口处，有“怀古亭”相迎（后重修时改名为“新安亭”），过亭后，穿过一段两旁古木参天的石路，就可看见背倚悬崖石壁、隐于苍松翠竹之中、右侧有一股山泉飞泻的金莲寺。这座超越千年、饱经沧桑的古刹，现在仍有观音阁、大雄宝殿和天王殿等殿堂，建筑面积1200多平方米。

历代文人墨客游览金莲寺后，大多赋诗赞颂。明成化年间广东潮州知府叶元玉，朝拜金莲寺以后，曾赋诗一首：“金莲山寺万松阴，流水花开自古今。几发青螺撑佛顶，关岩秋月印禅心。满天风雨龙归洞，入座笙歌鸟隔林。骏马神鹰无觅处，一声鸡犬在云深。”

明代吏部尚书裴应章曾夜访金莲寺，给金莲寺写了一副楹联：“泉声夜夜三春雨，山气时时五色云。”

1991年，时任全国政协副主席、中国佛教协会会长赵朴初，应清流县的邀请，亲笔为金莲寺题写了寺名。