法因寺原名祈保亭，又名七宝寺，明代始建，清嘉庆及道光年间曾两次重修。原建筑面积约200多平方米，有三进：前厅、中堂、禅房。直到现今，该寺仍供奉男相蓄须观音菩萨圣像，当地人称之为“祈保亭佛祖”，十分独特。

1938年夏，弘一大师驻锡祈保亭，因“祈保”与“七宝”谐音，改祈保亭为七宝寺，并为之题匾额于寺门之上。1988年，祈保亭被市政府定为第一批文物保护单位。此后，由普法法师倡导并募集资金，在离原祈保亭旧址东侧约200米处，兴建了“弘一法师纪念堂”，并将原中殿移建在该堂前殿，同时更名为“法因寺”，前寺后堂，具有闽南佛教古建筑的风格。

如今，前殿是法因寺，建筑面积144平方米，有原祈报亭3副石柱楹联，其一为“祈福祈寿祈男有祈必应，保民保家保国容保无疆。”另一为，“有祈必安座上慈云绕，所保皆吉亭中法界新。”现又添两副对联，其一为“法入空门求胜解，因向僧伽问此身”。另一为“法无不被男相女相如来相，因以为缘鼓山南山灵鹫山。”

中间是天井，约415平方米，南北为两厢房，共3层：一层为弘一法师事迹展室和办公室，二三层为寮房。

后殿有两层：一层为观音堂，二层中间设弘一法师纪念堂，堂内正中供奉著翠绿透明玉佛像，佛像前置弘一法师半身塑像1尊，堂内四周围有一圈供禅坐的榻椅，厅内圆柱均外包一层精细的木雕。堂外两侧相对有两小厅，一曰“无尽意”（取弘一法师所书“无言施教，道行八闽；意犹未了，愿在十方”之意），一曰“普门”（“普及十方、门开不二”），都以弘一法师的字体镌刻之。