南普陀寺在厦门思明区思明南路南端，五老峰山下。其前身称“普照寺”，又称“普照院”。元至元年间（1264-1294年）废。明洪武年间（1368-1398年），僧觉光复建。明末清初，普照寺毁于兵燹。清康熙二十二年（1683年），靖海侯施琅收复台湾后驻厦门，就普照寺旧址复建殿宇，并增建大悲阁，辟为观音菩萨道场，与浙江普陀山观音道场相类比，改称为“南普陀寺”，聘请临济宗35世传人慧日法师为开山第一代祖师。此后，经历代住持僧如渊、景峰、省己、真衷、喜参等，在兴泉永道道尹胡世铨等地方官员的支持下，多次募资新修扩建。到光绪二十一年（1895年），已建成“三殿七堂”，具备中等禅寺规模，居厦门岛上诸佛寺之首。

          南普陀寺历来是临济宗喝云派下子孙寺院。1924年，喝云法裔住持转逢和尚，立意将南普陀寺献为十方丛林，经商请喝云派系诸山长老和两序僧众的同意，按“选贤任能”的丛林规制，推举黄檗宗系的会泉和尚为首任方丈。第二年，会泉在转逢的支持协助下在寺中创办闽南佛学院。1934年又接受弘一法师的倡议创办佛教养正院。从此，南普陀寺不仅成为迎纳十方高僧大德的丛林禅寺，同时也成为省内外青年学僧向往的参修学苑。海内高僧大德云集，十方参修学僧竞聚。禅林学苑并此称盛一时，驰名中外。

1927年，会泉首届方丈任满，自请退居，公推太虚大师继任方丈兼学院院长。当时太虚正担任中国佛教会主席职务，对推行佛教改革和改进僧伽教育极为重视。他来厦门就职后，聘请大醒、芝峰诸法师来闽南佛学院负责教务工作，将禅寺和学院作为推行佛教改革和改进僧伽教育的实验基地，积极开展工作。

1937年，抗战爆发，南普陀寺一度被驻军占住。1938年5月厦门沦陷后，先后由觉斌、会觉住持。但僧众稀落，寺宇萧条，不复战前盛况。

抗战胜利后，避居内地或出国的僧众陆续复员归寺。1947年，公推广心和尚任方丈。1948年，南普陀寺为性愿法师60大寿举办三坛传戒大法会，来自海内外求戒的缁素佛教徒1000多人参加受戒大典。济济满堂，极一时之盛。但不久由于时局紧张，集居僧众又烟消云散，南普陀寺又复凋零。

新中国建立后，人民政府先后拨出巨款翻修寺宇殿堂，在寺的右侧开凿“般若池”，后山新建转逢、会泉和尚的纪念塔。寺僧通过学习国家政策，提高政治觉悟，自觉地参加建国初的各项爱国运动，开展生产劳动以自食其力，同时将原来的佛教养正院改办为养正义务小学，免费招收附近学童入学。1958年，厦门对佛教寺院进行合并，各寺僧众集居南普陀寺。“文革”中，寺中宗教设施受到破坏，寺院住僧纷纷离散，另谋生路。

1980年，党的十一届三中全会召开以后，党的宗教信仰自由政策得以全面落实，南普陀寺再次发展兴盛起来。1982年，南普陀寺成立管理委员会，妙湛和尚任管委会主任兼任寺务监院，1988年又由厦门佛教协会公推为南普陀寺第8任方丈。妙湛和尚升座后，妥善安置10年流散来归的僧众，重整禅林法规，主持翻修扩建寺宇，复办闽南佛学院，使千年古刹重放光彩，迎来一派兴隆发展的新气象。1994年12月，南普陀寺成立慈善基金会，成为中国大陆佛教寺院创办的慈善机构之首。

妙湛老和尚圆寂后，1996年8月，两序大众一致推选全国佛教协会副会长圣辉法师为南普陀寺第9任方丈。2000年元月，圣辉法师连任南普陀寺第10任方丈。

自20世纪80年代以来，由政府拨款和海外佛教界缁素人士捐助巨资，对南普陀寺进行全面的翻修扩建和新建。新建工程有：寺外左右两侧两座巍峨的花岗岩大山门；砌造环绕全寺四周的大围墙，寺前开凿莲花池，池畔增建池亭水阁和七座白石宝塔；天王殿前两座高耸的东西万寿宝塔，作为规范全寺的坐标，填补了厦门岛上有寺无塔（指大佛塔）的历史空白；寺宇中轴线东侧拓建海会楼、普照楼和素食馆、僧舍，西侧新建、拓建方丈楼、太虚图书馆、学院教学楼、师生宿舍楼、佛教协会办公楼；西外侧坡地上新建两座雅静的上客堂楼房；1993年，在寺右原般若池侧兴建一座造型新颖、结构严谨的八角琉璃黄瓦的3层大禅堂，左右“班首楼”、慈善大楼；寺后山上增建“圆通陵园”，设景峰、喜参、妙湛、广洽几位和尚的舍利塔，并建苏亭、衡阳亭、卢亭等；近年新建的太虚大师舍利塔，屹立于全寺最高处的山坡上，塔上题铭、刻像和勒石题词皆出自当代高士名人手笔，赞颂大师生平行迹，以供后人瞻仰，俾使一代高僧与名山古寺同为不朽。

20世纪80年代以来，南普陀寺倍受党和政府的重视和关怀，党和国家领导人先后30多次来寺视察。同时，南普陀寺已成为宣传宗教信仰自由政策和展示宗教界良好形象的重要窗口。

此外，还有许多友好国家的首脑人物先后来南普陀寺参访，如丹麦王国首相拉斯穆森、荷兰女王贝娅特丽克丝、泰国副总理苏帕猜、泰国王储玛哈立集拉隆功、马耳他共和国总统巴巴拉、柬埔寨主席诺罗敦西哈努克亲王夫妇等。

南普陀寺的“名厨素菜”独树一帜，名闻中外，素菜遵循佛教素食的传统，坚持素菜、素料、素作和素名的严格要求，所做菜肴，质料纯净精美，色、香、味、形俱全，命名清新高雅，宴会厅布局雅致，不仅得到海内外游客的高度评价，也激发许多文人高士的豪情雅兴，为佳肴美味题诗命名，如当代诗人郭沫若为菜谱题诗命名的“半月沉江”，原中国佛协会会长赵朴初题名的“丝雨菰云”等。佳馔名题相媲美，成就了一段传世佳话。